棉苗疫病在苗期主要危害子叶和幼嫩真叶，常在降雨时或雨后发病。子叶受害后，先在边缘出现暗绿色圆形或不规则形的水渍状病斑，与健康部分差别不大，尔后病斑变成青褐色，其症状以后有两种表现，一种是病斑刚出现不久，遇天气放晴，日光照射病斑呈黄褐色，严重者形成枯斑，子叶或真叶脱落；另一种是在连续几天阴雨的条件下，病斑迅速扩展成青褐色至黑色，有时半个或整个子叶变黑，甚至发展到真叶或幼芽，使之变黑，晴天后，部分或全叶凋萎。
具体防治措施
1、中耕松土:在土壤墒情较大的情况下,要7-10天中耕一次,提高地温,散墒.
2、轮作倒茬：棉花苗期病害发生重的地块，尽可能实行轮作倒茬,加强田间管理，通风、透光，使棉苗生育茁壮，增强抗逆力。
3、药剂处理：使用药剂处理种子，可消灭种子上携带及种子周围土壤内的病菌，保护棉苗安全出土。药剂种类可用10%或50%多菌灵按有效成分0.5%用量与棉种拌合，也可用70%甲基托布津、25%多菌灵加15%福美双以种子重量1%拌种，或0.05%“402”抗菌剂结合定温浸种半小时，可兼治多种棉苗根病。病害始发期用80%退菌粉1000倍灌根或用25%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷棉苗2~3次。
4、药剂防治:对疫病发生较重的地块,及时药物防治。
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